引起继发性痛经最常见的病变是盆腔子宫内膜异位症、子宫腺肌症。继发性痛经均有相应的生殖器官病变，因此一定要先治疗引起痛经的生殖器官病变。
像宫颈管狭窄的患者，分娩后宫颈管狭窄的情况得到改善，自然不会出现经血淤滞、排出不畅的痛经了。盆腔炎的患者，经抗炎治疗后盆腔状况改善，痛经的情况也会缓解。
引起继发性痛经最常见的病变是盆腔子宫内膜异位症、子宫腺肌症。未婚女子在初潮多年后开始痛经，自己和家长都以为没有结婚，应该不会患妇科病，痛经时忍一忍或吃一粒止痛药就过去了。数年以后，在进行婚前检查时，却发现已患有严重的盆腔子宫内膜异位症、卵巢子宫内膜异位囊肿，对生育能力构成了巨大的威胁。
针对子宫内膜异位症和子宫腺肌症，有药物治疗和手术治疗两种选择。
子宫内膜异位症引起的痛经可首选非甾体抗炎药或口服避孕药，疗程一般不少于六个月，用法同原发性痛经。如果疗效不佳，可改用促性腺激素释放激素类似物治疗，每次皮下或肌肉注射一针，每四周注射一次，疗程为六个月。如患者暂时无生育要求且不宜长期口服药物时，可选择宫内放置左炔诺孕酮宫内缓释系统（又称曼月乐，一种宫内节育器），或缓释孕激素的阴道环，既达到减轻痛经的目的，又可明显减少月经量。如患者有生育要求，且盆腔内有较大的子宫内膜异位囊肿，应首选腹腔镜下的微创手术治疗。
手术切除子宫通常是治疗子宫腺肌症最彻底的方法，但对于有生育要求或要求保留子宫的患者，应首选促性腺激素释放激素类似物治疗，疗程同前。如患者暂无生育要求，子宫腔内放置左炔诺孕酮宫内缓释系统，或阴道使用缓释药物应是首选方法。口服避孕药也可选用，但一般不作为首选的治疗药物。
子宫腺肌症也可以通过子宫动脉栓塞术以达到减轻痛经、减少月经量等目的。但由于其操作者需要非常丰富的临床经验，治疗费用昂贵，所以目前不推广应用。
总之，继发性痛经的治疗则要先区分病因，对因和对症治疗并进。如果对顽固的原发性痛经一忍再忍，将来有一部分人可能发展为子宫内膜异位症。子宫内膜异位症合并不孕不育的发生率相当高。
