导致女性性交疼痛的器质性因素，可以发生于生殖系统的各个环节。
外生殖器由处女膜异常发生的性交疼痛，常伴有阴茎插入阴道困难。阴唇、阴道口粘连、炎症、脓肿，常发生局部疼痛，呈锐痛、烧灼样痛，或撞击时的疼痛。阴道口瘟痕、前庭大腺感染，小阴唇炎性粘连，疼痛多呈浅性疼痛。阴蒂或阴蒂包皮过敏时，疼痛呈牵拉性，或接触性疼痛。
肛门直肠疾病如肛门直肠感染性疾病，严重痔疮，直肠阴道瘘，疼痛常呈弥性。
阴道阴道感染性疾病或阴道创伤，由于缺乏雌激素(如老年人闭经后垂体功能低下)，或放疗后所致的阴道萎缩，或由于寄生虫、口服避孕药引起的阴道、子宫颈内粘液的酸碱度改变。其疼痛多在阴道口、阴道内，呈锐痛或轻度疼痛。白塞氏综合征，由于阴道溃疡而致疼痛。
子宫子宫后倾，或伴有子宫肌瘤，月经前期，由于盆腔充血，可引起性交时的深部疼痛。子宫峡部有纤维样变性也可引起深部疼痛。子宫内膜异位，子宫内膜种植子宫直肠陷凹和子宫骶骨韧带，常致经前期性交疼痛，随性交动作而深部疼痛。
卵巢由于子宫切除使卵巢靠子宫直肠窝太近，常致性交时深部疼痛。月经周期中黄体出血，行经前的黄体使卵巢降入子宫直肠窝，可引起月经前性交疼痛。
膀胱膀胱炎时常有随性交动作阴道前壁性交痛;脂肪膨出也可引起性交时阴道前壁的疼痛。
皮肤由性传播的疱疹性外生殖器炎症，性交时可引起阴道外部或内部灼痛;尖锐湿疣，引起性交时外阴或阴道口烧灼样疼痛;其他如单纯疱疹、带状疤疹、阴虱、疥疮、皮炎等都可引起性交浅部疼痛。
引起性交疼痛的器质性病变种类繁多，应根据疼痛性质找出疼痛原因，消除因，性交疼痛便可以消除。
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