复发性生殖器疱疹在原发后1-4个月内发生。第一次Ⅱ型疱疹病毒感染后一年内将近60%患者复发，第一年可复发4-6次。以后次数减少。复发患者全身症状较原发轻，每次发作的病程也较短，通常皮损约10天消退。有学者发现Ⅰ型疱疹病毒感染后只有14%复发，大大低于Ⅱ型疱疹病毒感染的复发率。复发一般都在原处，但水疱数目、持续时间和自觉症状均比原发者轻、淋巴结不肿大、很少有全身症状。复发性生殖器疱疹多发生在外阴、阴道、宫颈及龟头等部位，尿道发病较少见。由于复发性生殖器疱疹反复发作又难以控制，有时疼痛较严重等原因，造成病人思想负担过重，而出现心理障碍害怕致癌、害怕传染给性伴侣、回避与性伴侣的性生活、不愿与异性交往、导致性功能障碍，影响家庭和睦，甚至发生抑郁症。
生殖器疱疹病毒与生殖器恶性肿瘤关系密切。早在60年代就有人提出引起生殖器疱疹的Ⅱ型疱疹病毒可能是宫颈癌的潜在致癌因子。近十多年来，已发现宫颈癌和性活跃有关，而Ⅱ型疱疹病毒又是性活跃人群中常见的致病因子，宫颈又常是病毒的复制部位，并且发现生殖器疱疹常常与宫颈癌并发。患过生殖器疱疹的妇女比未患过者得宫颈癌的危险性大5-10倍。最近，在宫颈癌组织、剥脱细胞或癌前期细胞中发现了Ⅱ型疱疹病毒特异抗原。从而表明Ⅱ型疱疹病毒在宫颈癌的发生过程中起了重要作用。另外，从阴茎癌病人的活检材料中也观察到单纯疱疹病毒样颗粒。然而表明单纯疱疹病毒是生殖器恶性肿瘤致病因子的直接证据仍不足，尚有待于进一步证实。
