临床上，典型的生殖器疱疹易识别，部位多发生在男性的包皮、龟头上或女性的大小阴唇、阴蒂上，表现为群聚或散在的小水疱，周围稍红，约经2－4天疱破、糜烂、结枷，一般自觉症状不明显或微痛，7－10日左右可愈，但极易复发，故称复发性生殖器疱疹。
不典型的生殖器疱疹又称亚临床型，有报道可占感染者的50％－70％，较难识别，有时仅表现为包皮、龟头、大小阴唇上的细微裂口、表浅糜烂，甚至是局限性红癍，除皮疹不典型外，部位也不典型，如有的在肛门周围、臀部骶尾部、会阴部、甚至下腹部。由于症状或部位的不典型易被忽略，耽搁了就诊时间也成为该病的主要传染源。
典型的生殖器疱疹，根据不洁性交史、外生殖器上成群小水疱、易于复发的特点诊断并不难，而某些不典型的病人则要进行实验室检查，如细胞学检查、病毒培养、抗原检测、特异性抗体检测、PCR法检测等，以便进一步确诊，及时治疗。
生殖器疱疹的治疗原则为抗病毒及提高机体抵抗力。抗病毒药可选用阿昔洛韦、泛昔洛韦等，如频繁发作（1年6次以上）则需维持4个月至1年。尚可注射干扰素、白介素转移因子等。局部搽药有阿昔洛韦霜、喷昔洛韦乳膏等。中药板兰根、大黄、穿心莲、黄荠、大青叶等有一定抗病毒作用，可结合使用。预防复发应避免诱发激活潜存病毒的因素，如不饮酒、不过度劳累，保证足够的睡眠，防止感冒等其他疾病的发生；外阴保持清洁、干燥。该病虽易复发，但预后好，故不必恐惧。
